Semua sisa bioperubatan yang akan diautoklaf mesti terlebih dahulu dimasukkan ke dalam beg autoklaf yang diluluskan dan berlabel. Benda tajam seperti jarum dan pisau bedah mesti diletakkan dalam bekas tajam yang diluluskan, berlabel, bermata sebelum disterilkan. Jangan letakkan pipet tajam atau kaca pecah di dalam beg. Sisa ini hendaklah diletakkan di dalam kotak atau baldi dan diautoklaf, atau disterilkan menggunakan cecair steril seperti 10% natrium hipoklorit. Sisa bioperubatan yang hendak disterilkan dalam autoklaf mesti mempunyai penunjuk yang membuktikan sisa tersebut telah diautoklaf sebelum boleh dilupuskan. Banyak beg autoklaf datang dengan penunjuk yang berbunyi "AUTOCLAVED" apabila kitaran pensterilan selesai. Penunjuk mesti digunakan pada kotak dan tong sebelum ia diautoklaf dan diletakkan di dalam tong. Sisa yang berpotensi berjangkit mesti dilabelkan "biohazard" dan mempunyai label biohazard yang dilekatkan pada bekas. Apabila mensteril bahan tidak berbahaya seperti keperluan haiwan penyelidikan, media kultur dan peralatan makmal dalam persekitaran steril, bekas kosong yang tidak bertanda sudah memadai.
Sebelum memulakan, kira-kira 50 ml – 100 ml air hendaklah diletakkan di dalam beg autoklaf untuk memudahkan penjanaan wap dalam beg. Jika air ini secara semula jadi terdapat dalam beban, tidak perlu menambah air tambahan. Beg autoklaf hendaklah dibalut dengan baik untuk mengelakkan tumpahan jika berlaku. Walau bagaimanapun, jika pita dibalut terlalu ketat, tekanan wap boleh terkumpul di dalam beg, menyebabkan ia pecah. Jangan gandakan beg sampah anda. Beg autoklaf direka bentuk untuk telap kepada wap, tetapi beg berganda akan menghalang pengaliran stim melalui beg. Jangan penuhkan beg atau autoklaf kerana aliran wap yang lemah boleh mengganggu proses pensterilan. Adalah lebih baik untuk tidak meletakkan beg terus ke dalam autoklaf. Mereka harus diletakkan di atas dulang keluli tahan karat atau polipropilena.
Semasa mengautoklaf cecair, jangan isikan bekas lebih daripada 75% penuh. Ini akan memastikan bendalir mempunyai ruang untuk mengembang semasa ia menjadi panas. Kerana penggunaan wap kemensterilkancecair boleh menjadi masalah, sebaiknya gunakan agen kimia untuk mensterilkan sisa cecair jika boleh. Jika penyelidik memilih untuk menggunakan stim untuk mensterilkan cecair, bekas yang mengandungi cecair itu mestilah boleh menahan keadaan autoklaf. Bekas kaca borosilikat atau polipropilena boleh digunakan. Pastikan untuk melonggarkan penutup pada bekas untuk meningkatkan tekanan semasa proses. Semasa autoklaf, sentiasa letakkan bekas kaca dan bekas cecair yang longgar ke dalam bekas kedua. Pakai sarung tangan tebal, tahan panas, cermin mata keselamatan dan apron getah semasa mengeluarkan cecair daripada autoklaf. Untuk beban cecair, kitaran pengudaraan autoklaf mesti ditetapkan dengan sangat perlahan. Ini memberikan masa cecair untuk menyejukkan di bawah 100 darjah, jadi ia tidak mendidih apabila tekanan berkurangan. Selepas larian selesai, buka pintu perlahan-lahan dan undur sehingga wap telah dibersihkan.
