Untuk mikroskop pendarfluor, sampel mengeluarkan cahaya. Bagaimana pula? Dengan menambahkan molekul pewarna pada sampel. Molekul pewarna biasanya teruja apabila ia menyerap tenaga cahaya, jadi ia membebaskan sebarang tenaga yang ditangkap sebagai cahaya. Tenaga cahaya yang dikeluarkan oleh molekul teruja mempunyai panjang gelombang yang lebih panjang daripada cahaya yang dipancarkannya. Molekul pewarna lazimnya ialah pewarna pendarfluor yang pendarfluor apabila terdedah kepada panjang gelombang cahaya tertentu. Imej yang terbentuk adalah daripada label pewarna pendarfluor yang mengeluarkan cahaya
Prinsip di sebalik mekanisme kerja ini ialah mikroskop pendarfluor mendedahkan spesimen kepada cahaya ultraungu atau ultraviolet atau cahaya biru, dengan itu membentuk imej spesimen yang dipancarkan oleh pendarfluor. Mereka mempunyai lampu arka wap merkuri yang menghasilkan pancaran cahaya yang sengit yang melalui penapis pengujaan. Fungsi penapis pengujaan adalah untuk menghantar panjang gelombang tertentu ke sampel yang diwarnakan pewarna pendarfluor, dengan itu menghasilkan imej label pewarna pendarfluor.
Selepas kanta objektif, terdapat penapis penghalang yang tujuan utamanya adalah untuk menghapuskan sebarang sinaran UV yang mungkin berbahaya kepada cahaya pemerhati, dengan itu mengurangkan kontras imej.
Aplikasi daripadaMikroskopi pendarfluor
Untuk menggambarkan agen bakteria seperti Mycobacterium tuberculosis.
Digunakan dalam teknik imunofluoresensi untuk mengenal pasti antibodi khusus yang dihasilkan terhadap antigen/patogen bakteria dengan melabelkan antibodi dengan pewarna pendarfluor.
Digunakan dalam penyelidikan ekologi untuk mengenal pasti dan memerhati mikroorganisma yang dilabelkan dengan pewarna pendarfluor
Ia juga boleh membezakan antara bakteria mati dan hidup dengan warna yang dikeluarkan apabila dirawat dengan noda khas
Sebagai tambahan kepada mikroskop yang dibincangkan di atas, terdapat mikroskop yang kurang biasa digunakan dipanggil mikroskop kontras gangguan pembezaan. Ia sangat mirip dengan mikroskop kontras fasa, di mana imej terbentuk oleh sinar cahaya yang dipesongkan atau tidak dipesongkan. Perbezaannya ialah di sini dua pancaran cahaya dilancarkan ke atas sampel dan difokuskan oleh prisma. Satu rasuk melalui prisma untuk mencapai sampel, manakala rasuk lain melalui kawasan lutsinar slaid tanpa sampel. Kedua-dua rasuk kemudian bergabung dan mengganggu antara satu sama lain untuk membentuk imej. Ia boleh digunakan untuk melihat struktur selular spesimen yang tidak ternoda, seperti endospora, dinding sel bakteria, nukleus dan butiran.
